Walau bagaimanapun, negeri naungan mengekalkan satu yang rasmi dan masih satu negara mengikut undang-undang antarabangsa.
Syahbandar memiliki kantor kesyahbandaran atau otoritas pelabuhan dengan bagian-bagian untuk menjalankan dan melakukan pengawasan terhadap ketentuan peraturan perundang-undangan yang telah ditetapkan pemerintah, sekaligus memisahkan fungsi syahbandar di dalam lingkungan kantor Administrator Pelabuhan.
Pada 1670an, ketua-ketua pedagang telah berkumpul dari pelbagai tempat seperti Lombok Sumbawa dan Paser Kalimantan Selatan.